本发明公开了一种带有自适应流动控制结构的扑翼发电装置及其工作方法，该装置包括扑翼叶片、自适应入口结构、射流器、能量转换结构等。装置工作时，利用弹性悬挂支撑结构和来流作用实现扑翼叶片振荡自启动；利用可再生能源流体动能进行发电，无附加电驱动结构，实现纯绿色发电；利用射流增强扑翼叶片表面流体流动分离，实现主动流动控制，提升扑翼能量采集性能，实现对流体动能的有效开发和利用；利用非牛顿流体材料特性，设计主动流动控制结构，形成瞬态、便捷、高效的自适应流量调节机制，以适应复杂多变的流场条件，提升扑翼发电装置的稳定性；所述扑翼发电装置将扑翼叶片振荡运动采集到的流体动能转化为电能，并进行存储，最终输入电网。