本发明公开了一种带有冲击结构的螺杆钻具及其操作方法，属于石油天然气开采工程机械技术领域，其包括旁通阀总成、马达总成、万向轴总成和冲击传动轴总成，所述旁通阀总成、马达总成、万向轴总成和冲击传动轴总成依次连接。同时，本发明还公开了带有冲击结构的螺杆钻具的操作方法。本发明的技术方案能够在定向造斜中使用，提高定向造斜的机械钻速，冲击螺杆钻具能够提高钻井机械钻速达到30％以上；能够在复合钻井中使用，提高复合钻井的机械钻速，适合推广应用。