本申请涉及过滤装置的领域，具体涉及一种深层过滤装置及应用其澄清生物料液的方法，其中，一种深层过滤装置包括至少2层的深层过滤介质层，相邻的深层过滤介质自深层过滤装置的进液端向出液端依次为第一深层过滤介质层和第二深层过滤介质层；所述第一深层过滤介质层的助滤剂质量占比为Xa，所述第二深层过滤介质层的助滤剂质量占比为Xb，Xa与Xb的比值为0.5～1.5；所述第一区域的紧度为T1，所述第二区域的紧度为T2，T1和T2的比值为0.3～1.5∶1。本申请的深层过滤装置对生物料液具有较优的过滤效果、过滤效率和过滤载量。