本发明公开了一种冬季控制微囊藻种源数量的方法，属于水体生态修复领域。本发明所述的控制微囊藻种源数量的方法是冬季1月初，先将微囊藻种源集中区域的水面用围隔分离开来，然后将大蒜汁均匀泼洒围隔中水面，接下来立即在水面上覆盖一层黑色薄膜直到2月结束，从而实现控制微囊藻种源数量。本发明在冬季用围隔将微囊藻聚集区的水体隔离开，然后在其水面均匀泼洒一定浓度大蒜汁，通过大蒜汁中的有效成分杀死微囊藻，并利用黑色薄膜抑制微囊藻的光合作用，实现降低微囊藻种源数量的目的，本发明的方法微囊藻去除率可达95％以上。