本发明涉及玻璃基板生产在线杀菌装置，包括壳体，所述壳体的顶部固定设置有杀菌箱，所述杀菌箱的顶部设有开口，所述杀菌箱的底部设有开口且延伸至壳体内部，所述壳体与杀菌箱相接的地方设置有风机，所述风机用于通过杀菌箱向壳体内部进行引风，所述杀菌箱的内部靠近上方的位置设置有对空气进行杀菌的第一杀菌机构，所述第一杀菌机构的下方设置有对空气进行杀菌的第二杀菌机构，所述第一杀菌机构和第二杀菌机构均与杀菌箱之间通过连接机构进行连接；解决了现有技术中的杀菌装置在对空气进行杀菌的过程中，由于空气与杀菌装置接触的时间较短，导致杀菌效果不佳，并且由于杀菌方式单一，对于空气的杀菌不够充分等问题。