本发明提供了一种低毒的雷公藤提取物及其制备方法与应用，属于医药技术领域。本发明首次提供了一种低毒高效的雷公藤提取物的制备方法，包括如下步骤：将雷公藤属植物乙酸乙酯提取物，减压浓缩得浸膏；将浸膏复溶后进行化学法、酶法或仿生法处理，取滤液调pH至3.5以下，采用聚酰胺柱色谱纯化，取纯化水洗脱液并浓缩，得低毒高效的雷公藤提取物。本发明制备方法简单，经本发明制备方法制备所得的雷公藤提取物活性成分清楚，有效部位明确，抗类风湿性关节炎无明显毒性且药效显著，治疗类风湿性关节炎等自身免疫性疾病的效果明显优于现有雷公藤制剂，且与现有雷公藤制剂相比无明显毒性。