本发明涉及辣椒分子标记领域，公开了与辣椒果面蜡质缺失相关的SNP位点、CAPS分子标记及应用。申请人通过对辣椒果面蜡质缺失材料‘LXQ‑93‑5‑无1’和果面蜡质正常材料‘白辣椒‑M’构建F2分离群体，利用混池RNA测序（BSR‑seq）结合连锁作图的方法，确定了控制辣椒果面蜡质层缺失与否的基因及其关键变异位点，并根据变异位点设计基因标记。采用该标记进行鉴定不需要在辣椒坐果期，苗期即可准确检测辣椒果面蜡质层是否缺失，检测成本低、效率高。并且本发明的分子标记是位于基因内部，准确性高，显著提高育种效率并降低育种成本。