本发明涉及汽车产品检测技术领域，具体公开了一种控制器总成检测方法、设备及存储介质。该方法包括：采集待检测控制器的标签信息，确定磁盘中是否存储标签信息；在磁盘中有存储标签信息时，识别待检测控制器的软件程序；识别到软件程序为预设软件程序时，向待检测控制器刷写预设软件程序。通过采集待检测控制器的标签信息确定是否为重复检测，通过识别待检测控制器内部的软件程序确定是否为预设软件程序，确保硬件合格且可以正常刷写程序，并通过二次刷写软件程序的方式覆盖待检测控制器内部的软件程序，确保内部存储有完整且能够正常运行的软件程序。