本发明公开了一种装配式海工桩基建筑物逆作施工方法，包括以下步骤：S1、将各桩基划分为多个桩基一和多个桩基二；预制各桩基一、各桩基二以及上部结构，上部结构开设有预留盲孔和预留通孔；S2、施打各桩基一，在各桩基一的上部安装辅助定位装置；S3、吊装上部结构，使各桩基一的顶部伸入对应的预留盲孔，然后通过辅助定位装置精确调整上部结构至设计位置；S4、施打各桩基二，使各桩基二穿过对应的预留通孔进行沉桩；S5、在各预留盲孔和各预留通孔内浇筑混凝土；S6、安装预制面板，浇筑板缝及面层。本发明降低了装配化施工对沉桩允许偏差的要求，可大量减少水上现浇作业量，缩短施工周期，实现了桩基海工建筑物的全装配化快速建造。