本发明公开了一种配电系统自愈的安全与可靠性优化方法及系统，涉及智能电网领域，包括配电系统自愈优化包括网架结构优化，电网、终端设备优化和电网运行优化；对配电系统分布式电源进行配电保护配置包括线路保护和异常响应；根据供电区域类型，从监测范围、通信方式及故障处理模式进行配电系统功能选择。本发明提供的配电系统自愈的安全与可靠性优化方法通过电网结构的优化，可以应对非标准化接线、复杂联络、分段等各种异常情况，从而提高电网的灵活性和可靠性，电网运行优化涉及重载线路的负荷转接、联络位置调整和增加线路转带，维持负荷均衡，减少过载风险，提高电网的安全性，本发明在灵活性、可靠性和安全性方面都取得更加良好的效果。