本发明公开了一种多FPGA系统下多资源约束的自适应图划分方法，具体包括应用平衡划分算法获得图划分初始解；使用结点资源微调算法对初始解的结点划分进行微调，获得满足资源约束的划分解；确定细粒度参数，将满足资源约束的划分解的各子集的结点粗化为超结点，获得超结点图；使用超结点转移算法对所述超结点图调整超结点的分区，获得调整后的超结点图；根据调整后的超结点图，将超结点映射回原始结点，获得调整后的划分解。本发明通过初始解的调整及移动结点时的资源约束考虑，可以得到满足约束的合理划分；除此之外，本发明采用的是多规模迭代粗化调整的策略，因此能够得到灵活分区的划分，尽可能减少分区间所连接的线网数，提高系统频率。