本发明提供的一种风机塔筒结构健康监测方法及系统，包括以下步骤：步骤1，获取待检测风机塔筒结构正常时的固有频率；获取待检测风机塔筒结构运行过程中的振动加速度、环境温度和风速；步骤2，根据得到的振动加速度、环境温度和风速获取待检测风机塔筒结构运行过程中的模态频率；步骤3，将待检测风机塔筒结构运行过程中的模态频率与正常时的固有频率进行比较，根据比较结果判断待测风机塔筒结构的状态是否异常；本发明采用应变模态理论对塔筒进行损伤识别，其结构简单易于实现。