本发明公开了一种生物矿化强化水凝胶的仿生复合修复材料的制备方法和应用，修复材料的制备步骤为：(1)将矿化微生物菌株接种至培养基中，获得微生物芽孢培养液；(2)用微生物芽孢培养液代替去离子水组分制备水凝胶；(3)将干燥的水凝胶破碎后加入糖衣机制备成核壳型修复剂内核；(4)在修复剂内核外包裹水泥外壳，再在保护层表面附着一层有机薄膜。本发明的核壳型修复剂可以短时间的在裂缝区域形成水凝胶快速地封闭裂缝，并且水凝胶在膨胀的过程中吸收大量水分，为微生物的生长、矿化提供充足的水源。同时，微生物的矿化产物又强化了水凝胶结构的稳定性，降低了水凝胶的失水收缩。