本发明公开了一种预防微囊藻水华发生的方法，属于水体生态修复领域。本发明所述的预防微囊藻水华形成的方法是1月初先将微囊藻种源集中区域的水面用围隔分离开来，然后初将一层黑色薄膜ZnCl，2随后分别在溶液均匀泼洒于围隔中水面2月、3月、4月初均匀泼洒，并在水面上覆盖0.1kg/m3浓度的ZnCl2溶液，直到4月底结束。本发明在冬季用围隔将微囊藻聚集区的水体隔离开，然后在其水面均匀泼洒一定浓度ZnCl2溶液，通过ZnCl2溶液中的Zn2+杀死微囊藻，并通过黑色薄膜吸收太阳光，使得水体和底泥中微囊藻无法进行光合作用进一步死亡，从而减少微囊藻种源的数量，实现预防微囊藻水华形成的目的。