本发明涉及配电网保护技术领域，公开了一种柔性低频输电的母线虚拟功率差动保护方法及系统，本方法通过获取配电网的母线的三相电压，并确定出母线的三相中的最大电压作为参考电压，并通过计算风机侧的三相虚拟功率和变频器侧的三相虚拟功率，并对风机侧的三相虚拟功率和变频器侧的三相虚拟功率进行傅里叶变换，得到风机侧的三相虚拟功率相量和变频器侧的三相虚拟功率相量，从而计算出三相虚拟功率差动量和三相虚拟功率制动量，将三相虚拟功率差动量和三相虚拟功率制动量分别进行阈值比较，根据比较结果判断母线是否发生故障，并对故障母线进行切除，从而提高了差动保护的动作特性的连续性和差动保护有效性。