本发明公开了一种防治鱼类单殖吸虫的中药制剂及其在水产养殖中的应用，属于水产动物疾病防治技术领域。本发明的中药制剂包括败酱草石油醚提取物和/或败酱草正丁醇提取物和助剂，所述败酱草中药制剂的最佳使用浓度为4mg/L。本发明采用不同极性溶剂分步萃取，将败酱草中杀虫有效成分分离出来，并首次将败酱草应用于水产动物寄生虫的防治中。本发明杀虫效果显著，4mg/L浓度下96h杀虫率可达93.5％。另外，本发明采用的中药制剂是植物源药物，安全低毒，对水环境无污染。