本发明涉及厌氧生物发酵堆肥的技术领域，具体公开了一种基于厌氧生物发酵的堆肥方法及系统，其方法包括：通过使用堆肥法发酵底肥，并添加能够预防虫害的中草药发酵；再使用扩培厌氧菌发酵箱扩培厌氧生物，在水肥发酵罐中使用扩培的厌氧菌发酵羽毛粉，羽毛粉需预处理杀菌，发酵得到的营养物质制作为水肥，对作物进行营养补充，并构建厌氧菌对羽毛粉发酵的转化率公式；使用菌母发酵糖和蔬菜制作出酵素，用作为叶肥，最后对作物施肥；本发明能够通过对发酵的底肥补充中草药药渣的方式，减少土壤病虫害，改良土质，维持土壤的基本营养，能够通过厌氧生物发酵羽毛粉的方式，获取能够让作物更好吸收的营养物质，并通过算法更好的发挥水肥的优异特性，再通过发酵酵素制成的叶肥施肥，提高作物的品质和降低农残。