本发明涉及一种基于花粉形态学筛选猕猴桃突变体的方法，该方法包括以下步骤：步骤一、猕猴桃花粉形态学P/E指标数据收集；步骤二、猕猴桃花粉形态学P/E指标数据分布范围可视化。本发明的有益效果是：能通过较低倍数下的指标参数区分猕猴桃花粉形态学，可以同时将种间和种内的雌株花粉和雄株花粉一起评价，高效快速地直观地筛选猕猴桃突变体，为解决传统筛选猕猴桃突变体中的繁琐和缓慢过程，提高猕猴桃突变体筛选的效率和精度，为猕猴桃突变体筛选提供一种新方法，指向性地选育杂交亲本，为猕猴桃杂交以及新品种的选育提供理论基础。