本申请提供了一种样本标识的对齐方法、装置、电子设备及存储介质；方法包括：针对多个第一数据样本，分别对每个第一数据样本的第一样本标识进行加密，得到多个第一加密标识；生成多个第一加密标识对应的索引组，索引组中包括至少一个子索引组，子索引组中的索引用于区分相同的第一加密标识；将多个第一加密标识以及索引组发送至接收方；第一加密标识以及索引组，用于供接收方基于索引组，从多个第一加密标识以及多个第二加密标识中选取得到目标样本标识；接收接收方发送的目标样本标识，并根据目标样本标识以及多个第一加密标识，确定对齐后的样本标识。通过本申请，能够提高样本对齐的速度。