本发明公开了一种配电网单相高阻接地故障检测方法及系统，涉及配电网故障检测技术领域。该方法包括步骤：获取母线零序电压和三相电压，根据零序电压和三相电压判断是否发生单相高阻接地故障；当发生单相高阻接地故障时，获取零序电流；对零序电流采用小波变换进行分解，得到分解的时频特征；根据分解的时频特征进行馈线之间的相关性计算，根据计算结果进行选线；确定故障线后，根据孪生神经网络构建故障定位模型进行故障区段定位，之后利用双端故障测距算法定位区段内的故障点。本发明根据时频域差异分析单相高阻接地故障的暂态分量，放大故障线与正常线的电流差异，实现准确的故障选线和定位。