本发明涉及核电站通风技术领域，公开了核电站蒸汽发生器间通风系统及其运行方法，本发明核电站蒸汽发生器间通风系统包括室外进风口、室外出风口、空调机组、送风子系统以及排风子系统。空调机组设于蒸汽发生器间外，空调机组的进风端和室外进风口连接；送风子系统包括送风管路，送风管路设于蒸汽发生器间内的下部，空调机组的出风端和送风管路连接；排风子系统包括排风管路和出风管路，排风管路设于蒸汽发生器间内的上部，出风管路设于蒸汽发生器间外，出风管路将室外出风口和排风管路连接。本发明对于降低工作场所放射性物质浓度，实现工作场所的净化，减少工作人员因吸入放射性物质造成的内照射危害有积极作用。