本发明属于质子交换膜燃料电池技术领域，公开了一种质子交换膜燃料电池的气体流道系统、控制方法及应用，包括设置在燃料电池双极板上的气体流道，气体流道结构包括气体入口、出口以及流道中的扰流凸台元件。具体设置为在流道内沿气体流道方向上设置扰流凸台。本发明通过在气体流道中设置扰流凸台，可以改善气体在流道内的流动特性，增强气体扩散能力，提升反应气体的利用效率；同时优化流道排水能力，提高气体流道内液态水的去除率，改善燃料电池内部的水热管理，缓解燃料电池的“水淹”效应，使质子交换膜燃料电池整体性能提升。