本发明提供了一种弹性有机硅面漆连接涂层及其制备方法和应用。该涂层的原料包括第一组分、第二组分和第三组分，其中第一组分包括热塑性树脂、环氧树脂、助剂、颜填料和溶剂；第二组分包括胺‑硅氧烷预聚树脂65‑75份和溶剂；第三组分包括聚二甲基硅氧烷、颜填料和溶剂；所述胺‑硅氧烷预聚树脂是包括酚醛胺树脂与单环氧官能三烷氧基硅烷、环氧树脂及甲基三甲氧基硅烷的预聚反应产物。本发明的连接涂层在与弹性有机硅面漆和环氧底漆配套使用时，能显著增加二者之间的吸附能力，同时该连接涂层具有良好的耐酸碱性能和耐盐水性能，其制备方法简单，易推广。