本发明公开了一种基于国密算法的无线传感器网络数据传输方法和系统，包括：通过在无线传感器网络的感知节点与基站中间添加存储节点，构建两层无线传感器网络；使用国密算法定时对感知节点采集的数据进行一次加密，获得一次加密数据；使用国密算法对一次加密数据进行数字签名，获得二次加密数据；将二次加密数据保存于存储节点；存储节点接收用户的查询指令，根据查询指令将二次加密数据发送至所述基站；基站验证二次加密数据的数字签名，获取一次验证数据；若数字签名通过，则由基站将所述一次验证数据发送至用户；用户对一次验证数据进行解密，获取二次验证数据，完成两层无线传感器网络数据传输。解决两层无线传感器网络安全性低的问题。