本发明公开了一种海量卫星星间信息安全传输系统及方法，其中系统包括卫星、地面站和数据中心；卫星包括卫星本体以及多功能载荷主板，以及搭载在所述多功能载荷主板上的多个任务模块单元；所述任务模块单元包括通信单元模块、导航载荷单元模块和观测载荷处理模块；所述地面站，用于与卫星进行通信，完成数据传输操作；所述数据中心，用于管理卫星网络中的数据，并对数据进行加密和解密；上述海量卫星星间信息安全传输系统及方法，具有较高的可扩展性和灵活性，可以根据实际任务需求进行升级和改进。