本发明提供了一种配电系统互操作与运行协调方法及系统，包括：根据配电系统中的集群建立模型，每一个集群对应一个模型；确定每一个模型的目标函数和约束条件，所述模型的目标函数基于其他集群输出的有功功率和无功功率；根据模型迭代的参数进行模型的迭代，直至满足迭代完成的条件；获取迭代完成的模型的输出，根据迭代完成的模型的输出运行协调所述集群，本发明通过将配电系统中的各个集群转化为模型再将模型进行迭代，使用迭代后的模型输出运行协调所述集群，从而完成配电系统中各个集群之间的互操作与运行协调，实现了减少计算量和仿真时间，各个集群进行一定程度上的自主式控制，能够更加有效地保障配电系统安全、稳定、经济运行。