本发明公开了一种非疾病诊断目的的蛋白质组学数据的特征选择方法。该方法包括以下步骤：对蛋白质原始数据集进行清洗处理，得到对应的蛋白质特征数据集；根据每种蛋白质的表达值的分布情况计算出每种蛋白质对应的权重值；根据权重值判断蛋白质特征数据集中的每种蛋白质是否是非重要特征蛋白质，去除蛋白质特征数据集中的非重要特征蛋白质的表达值，得到对应的重要蛋白质特征数据集。本发明能够快速、准确的筛选出蛋白质组学数据中的代表性高的重要蛋白质特征数据。