本发明提出了一种治疗便秘的组合物及其制备方法，属于医药技术领域。将火麻仁经过超临界流体萃取得到火麻仁油，固渣与大黄、肉苁蓉混合，加水沸腾提取，过滤，滤渣干燥留用，滤液干燥得到水提取物，滤渣经过醇溶液加热提取，过滤，滤渣干燥留用，滤液干燥，得到醇提取物，将经过反复冻融处理的复合藻混合物中加入滤渣，灭菌，接种益生菌发酵，得到的发酵产物经过包埋得到发酵包埋颗粒，与火麻仁油、水提取物、醇提取物、发酵包埋颗粒和乳果糖混合加入蜂蜜水中，得到治疗便秘的组合物。本发明治疗便秘的组合物可缓解慢性便秘，改善肠道的健康状况，增加患者的主动排便频次，改善患者粪便硬度，改变大便形态缓解腹胀症状，起到防治便秘的效果。