本发明提供了一种快速生长型大口黑鲈选育用分子标记及其应用，属于水产育种技术领域。本发明通过简化基因组测序在美国原种F1代中筛选快长相关的标记，验证快长标记富集与生长性能的关联性，利用开发的标记结合相应的验证与配组技术完成新品种的连续选育工作。实验证明SNP19140160、SNP23355498、SNP9639603和SNP9639605均与实验中测定大口黑鲈原种F1代体长显著相关；并且SNP19140160位点还与大口黑鲈原种F1代体重、体高、体厚均呈显著相关。本发明提供了所述分子标记能够精准高效筛选鉴定快速生长型大口黑鲈，从而提高快速生长型大口黑鲈新品种选育效率。