本发明公开了一种钻孔轨迹测量系统及预警方法，测量装置包括通水通缆钻杆、钻头、微机电测量短节、信号处理单元和工控机。微机电测量短节和钻头固定在首节钻杆端部。通水通缆钻杆可同时实现高压冲洗介质的传输和测量数据的实时传输。通水通缆钻杆高速旋转，带动钻头完成桩体的钻孔，微机电测量短节实时测量钻孔轨迹信息，并通过穿设在钻杆通缆孔内的电缆传输给信号处理单元，信号处理单元再通过无线传输的方式将数据传输给工控机。工控机对钻孔轨迹信息进行预测，从而对钻孔轨迹发生偏差的位置及时预警。本发明可快速准确捕捉桩体钻孔轨迹信息、三维位置信息，为及时发现、纠正桩身姿态提供重要支撑。