本发明涉及一种用于粒子加速器的束流斩波系统及其使用方法，包括直流高压斩波器、上位机和偏心电极板；直流高压斩波器用于产生相应工作模式下的PWM脉冲信号，将外接直流电压输入转换为与给定PWM脉冲信号时间结构一致、幅度与直流高压电源输出一致的目标高压脉冲信号；上位机用于下发直流高压斩波器产生高压脉冲所需的给定PWM信号的时间参数、事例文件以及工作模式控制命令，控制直流高压斩波器的工作，以及获取直流高压斩波器的目标高压脉冲信号并进行分析；偏心电极板用于施加直流高压斩波器输出的目标高压脉冲信号，将进入的直流束或脉冲束转换为符合物理供束要求的脉冲束，本发明可广泛用于粒子加速器领域中。