本发明涉及配电网故障录波数据同步技术领域，具体公开了一种基于首个过零点识别的双端故障录波数据同步方法及系统，方法包括：基于以单端故障录波数据中每一个过零点为起点的设定长度的信号，计算每段有效值差和每段斜率平方和差，若存在连续两段有效值差大于设定的第一系数，记前一段有效值差对应的过零点为a；若存在连续两段斜率平方和差大于设定的第二系数，记前一段斜率平方和差对应的过零点为b；若a和b为同一个过零点，则该端信号以此过零点作为首个过零点，双端信号分别以各自得到的首个过零点为同步基准，进行数据同步。本发明可以有效避开故障发生后的一些无效过零点，提高了过零点数据自同步的同步成功率。