本申请公开了一种基于预测比对的汛期污染强度核算方法及系统，其中，基于预测比对的汛期污染强度核算系统，包括：用户端：发送核算请求，接收汛期污染强度；监测节点：实时采集水质数据并存储；允许核算中心获取水质数据包；核算中心：接收核算请求，根据核算请求获取水质数据包；对水质数据包进行预分析，获得待核算数据包，其中，待核算数据包至少包括：未降雨数据包和降雨数据包，根据待核算数据包获得任务序列和预测数据包；按照任务序列对预测数据包和降雨数据包进行分析，获得汛期污染强度，并发送。本申请能够避免核算结果因同一个监测节点在汛期时间节点，未降水和未引入外源污染时，但水质数据发生微量变化而造成核算不准确的情况。