本发明涉及微生物采集设备领域，公开了一种微生物采集装置，所述支撑架固定在地面上；在支撑架的立柱侧壁转动连接有悬空臂；悬空臂的自由端设有导向座；导向座的内孔滑动连接有导向杆；所述导向杆的侧壁开设有齿面，齿面上啮合有驱动齿轮；导向杆的下端面设有螺杆头；螺杆头上拧有采集仓，采集仓的腰部设有微生物滤膜，在采集仓的第一管段设有进口，采集仓的第二管段设有出口，出口通过输气管连接有抽风机；本申请可以架设在河道旁边，当采集仓在高位时可以采集空气中的微生物，当采集仓下降到河水内时可以采集河水中的微生物，采集到的微生物富集在微生物滤膜上，实现了在同一竖直位置上空气微生物采集与河水微生物采集，采集到的样品具有代表性。