本发明公开了一种面向对象的嵌入式数据库高效索引组织方法，其步骤包括：针对嵌入式数据库所申请的存储空间构建一索引结构和一编号复用结构；在索引结构中为每一数据对象建立一对象编号并存储其在存储空间中的偏移量；编号复用结构用于存储被删除的数据对象对应的对象编号；当写入一数据对象A时，首先查询编号复用结构中是否有对象编号；如果没有，则在索引结构中为该数据对象A生成一对象编号并在对应位置存储该数据对象A在存储空间中的偏移量；如果有，则从中选取一对象编号移入索引结构中并在对应位置存储该数据对象A在存储空间中的偏移量；当存储空间中删除一数据对象B时，将数据对象B在索引结构中的对象编号移入编号复用结构中。