本发明提供了一种耐低温辣椒种苗的培育控制方法及系统，涉及智能控制技术领域，获得育种资源信息与外源物质，对外源物质进行试验确定外源物质影响关系；基于低温锻炼试验数据库进行耐冷调节参数影响关系分析，确定低温试验参数关系集，进行参数优化确定培育控制参数并生成控制指令，进行实时采集与动态调整，解决了现有技术中与市场需求和实际场景的结合度不足，控制过程不够严谨，缺乏系统性的总控方式，导致育苗效果受限的技术问题，通过进行育种资源筛选与影响控制参数确定，试验分析参数影响关系，在此基础上进行参数扩展与寻优，以确定最优控制参数，最大化保障低温耐受性，实时进行参数监测修正以弱化环境波动影响。