本发明公开了一种基于多层次特征融合的伪装目标图像分割方法和系统，本方法对每种层次的第一特征图进行全局特征增强，对每种层次的第二特征图进行局部特征增强；并将每种层次的增强后的局部特征和与其相同层次的增强后的全局特征进行特征融合，获得多种层次的融合特征；对多种层次的融合特征中两个浅层网络层的融合特征进行边界引导，得到边界图；将多种层次的融合特征中相邻网络层的融合特征进行特征交互获得多个交互特征；将边界图分别与多个交互特征中的每个交互特征进行边界融合，获得多个边界融合特征；基于多个边界融合特征，分割出每个边界融合特征对应的待分割的伪装目标图像中的伪装目标图像。本发明能够提高伪装目标图像分割的准确度。