本发明提供了一种女性生殖道细胞病理智能分析系统，包括服务器、电子显微镜、图像采集模块、数据预处理模块、细胞分割模块、特征提取模块、分析评估模块和预警模块，图像采集模块采集电子显微镜的细胞图像数据，数据预处理模块对图像采集模块采集得到的细胞图像数据进行预处理，细胞分割模块对处理后的细胞图像数据进行分割，以分割出细胞图像，特征提取模块对分割出的细胞图像进行特征提取，分析评估模块对特征提取模块提取得到的特征进行评估，预警模块根据分析评估模块的评估结果向操作人员触发预警提示。本发明通过预警模块和分析评估模块的相互配合，有效降低了劳动强度，使得整个系统具有检测效率高、交互性佳和评估精准度高的优点。