本发明公开基于水位监测的灌排两用衬砌渠道地下水补给反演系统，涉及水利设施技术领域。本发明包括衬砌状态检测单元，用于获取渠道的衬砌面的衬砌状态；地下水监测单元，用于根据渠道的位置分布，在渠道沿线设置监测井；获取监测井的水位；根据监测井的水位得到渠道的沿线局部区域的地下水位分布；反演计算单元，用于根据渠道的衬砌面的衬砌状态以及渠道的沿线局部区域的地下水位分布得到渠道的沿线区域的地下水位分布关于渠道的衬砌面的衬砌状态的关系；根据渠道的衬砌面的衬砌状态以及渠道的沿线区域的地下水位分布关于渠道的衬砌面的衬砌状态的关系反演得到渠道的沿线区域的地下水位分布。本发明全面准确得到渠道沿线的地下水状态。