本发明公开了一种地理信息数据处理系统及方法，系统包括信息采集模块、遥感数据预处理模块、多模态遥感数据融合及分类模块、多模态遥感数据增强模块和遥感数据分割模块。本发明属于地理信息技术领域，具体是指一种地理信息数据处理系统及方法，本发明采用基于耦合自循环卷积神经网络的方法进行多模态遥感数据的融合和分类，提升了地理信息数据的可靠性和分类的准确性；采用基于数据本体的过采样和数据拼接的方法进行数据增强，提高了数据的可用性；采用基于超图构造的多模态遥感数据分割方法，提高了地理信息数据处理的跨模态兼容性和多模态融合数据的处理有效性。