本发明涉及柔性互联配电网技术领域，公开了一种多端口柔性互联器的并网启动系统及方法，其系统公开了本发明提出的多端口柔性互联器的启动控制环路可以同时适用于平衡节点端口、有源节点端口以及无源节点端口，降低了不同类型端口启动控制环路的差异性。同时，还给出了三种类型节点端口的启动时序，实现平衡节点端口、有源节点端口以及无源节点端口由停机状态到正常运行状态的平稳启动，同时，在所提多端口柔性互联器的启动控制环路中，给出的虚拟阻抗控制模块可以根据交流侧输出电流调节虚拟电阻和虚拟电感参数，降低平衡节点端口、有源节点端口并网启动时的电流冲击，还可以抑制无源节点端口突加负荷时的过电流。