本申请涉及一种燃料电池用集成化制高纯氢设备，包括依次连接的原料气压缩机、原料气预热器、加氢脱硫反应器、转化炉、转化气冷却器、中变反应器、中变气冷却器、气液分离器和PSA净化装置，所述原料气压缩机的进气口与天然气输入端或沼气输入端和氢气输入端连接，所述加氢脱硫反应器分为上部和下部，所述加氢脱硫反应器的上部装载有钴钼催化剂，所述加氢脱硫反应器的下部装载有脱硫剂，所述转化炉上设置有除盐水入口。本申请的燃料电池用集成化制高纯氢设备制得的氢气纯度高、产率高。