本发明属于燃料存储技术领域，具体涉及模块式替代燃料智能存储系统，包括料仓，所述料仓为撬装式料仓，所述料仓连接有料仓控制系统，该料仓控制系统包括：采集模块，用于获取仓内的仓储数据，其中，所述仓储数据包括进料点的物料进料速度、出料点的物料出料速度、仓内物料高度以及仓内物料重量；料位分析模块，用于在对分析时段内仓内的实时数据进行分析，判断仓内物料进出料的分析系数，并生成反馈信号。该发明能够根据仓内进出料的情况对仓储的过程进行实时分析，并根据分析结果对仓储运行情况进行监测，同时可根据实际情况对料仓的进出料情况进行调整，相较于常规的方式，减少了人力的投入。