本发明涉及一种耐高温水性绝缘涂料及其制备方法，属于绝缘涂料技术领域。包括基体树脂组分和固化剂组分；所述的基体树脂组分中，包括有按照重量百分比计的如下成分：水性环氧树脂55‑60％、云母粉和聚酰亚胺复合粉体15‑20％、阻燃填料1‑5％、气相二氧化硅4‑10％、有机膨润土2‑5％、活性单体1‑3％、助溶剂5‑10％、水性分散剂0.2‑2％、水性消泡剂0.2‑2％、中和剂0.5‑1％；所述的基体树脂组分和固化剂组分之间的重量比是2‑4：1。本发明通过制备了一种由云母粉和聚酰亚胺原位聚合得到的复合填料，使得聚酰亚胺与绝缘填料之间形成包覆以及交联，提高了其应用在涂层中存在的分散性不好的问题。