本申请提供一种摩托车柔性智能生产线在线自动刷写的方法，包括以下步骤：远程服务平台接收远程通讯终端发送的刷写请求，对刷写请求进行解析，获得摩托车的车辆信息并根据车辆信息获取映射表；远程服务平台调用对应映射表中控制器的刷写数据包，并发送至远程通讯终端，以使摩托车通过远程通讯终端接收刷写数据包，并将刷写数据包刷入对应的控制器中。本申请整合生产制造装配过程信息、客户配置信息及控制器软件版本信息，实现对多车型，小批量，定制化的摩托车柔性智能生产线在线自动刷写，下线车辆并发刷写，此外可以免去生产线的EOL和EOL检测工序、降低刷写成本、提高数据准确性，且避免摩托车上的智能设备的控制指令泄露，提高摩托车的安全性。