本发明涉及基于静止卫星的湖泊蓝藻水平和垂向运动速率计算方法，包括：获取静止卫星遥感反射率数据，并计算藻华覆盖度，即每个像元内藻华面积占整个像元面积的百分比；提取一景静止卫星遥感影像，以藻华覆盖度大于预设阈值为条件提取藻华像元，定义空间连续N个以上像元为藻华像元的区域为藻团；基于藻团运动距离和时间计算藻团水平运动速率，以藻团水平运动速率表征蓝藻水平运动速率；获取某一像元的藻华覆盖度，基于像元水深、不同时刻像元藻华覆盖度变化获取该像元的藻颗粒垂向运动速率，以像元的藻颗粒垂向运动速率表征蓝藻垂向运动速率。本发明方法计算的速度能够准确反映某个区域的藻华的水平和垂向运动情况。