本发明公开了一种飞轮储能阵列协调控制方法和系统，该方法包括：确定风电场功率波动时，飞轮储能阵列应输出的功率；建立飞轮储能阵列的一致性指标；确定飞轮储能阵列中各飞轮单体的运行约束条件和飞轮储能阵列的功率平衡约束条件；基于一致性指标和各飞轮单体的运行约束条件和功率平衡约束条件进行一致性算法迭代运算，直至各飞轮单体的一致性指标达到一致时，根据迭代后达到一致的一致性指标确定各飞轮单体的出力值，以实现飞轮储能阵列的协调控制。本发明不仅能够实现飞轮储能阵列协调控制，还能提高飞轮储能阵列协调控制可靠性和鲁棒性。