本发明公开了一种含可再生能源制氢的综合能源两阶段优化调度方法及系统，包括：获取综合能源系统可再生能源发电日前预测值；基于所述日前预测值，对两阶段鲁棒‑随机优化调度模型进行求解，得到在所有最优鲁棒界限值场景下的期望成本最小对应的最优调度结果；其中，将最优鲁棒界限值Γ*设置为服从概率分布的随机变量，按最优鲁棒界限值的概率分布下期望日运行成本最小为目标构建两阶段鲁棒‑随机优化调度模型；本发明针对传统鲁棒优化求解过于保守的问题，将最优鲁棒界限值视为随机变量，按其概率分布下期望日运行成本最小为目标构建两阶段鲁棒‑随机优化调度模型，从而实现充分接近最优风险‑经济平衡的调度结果。