本发明提供一种电单车站点停放的控制方法、系统及存储介质，通过响应用户的还车指令，并获取电单车的当前位置，根据当前位置和当前定位精度建立虚拟覆盖区域，以及获取距离实时位置最近的停车点区域，在电单车覆盖区域和停车点区域确定虚拟覆盖区域与停车点区域之间的重叠面积，以及确定重叠面积占虚拟覆盖区域的比例大于第二预设阈值中的任意一项成立时，判定电单车处于停车点区域之内，确定电单车的主车体朝向以及确定实时位置对应的行车道路的行车方向，在电单车处于规范停放状态后，执行预设关锁指令。本申请先通过判断电单车是否停放在停车点范围，再通过主车体朝向和行车方向确定停放方向，从而保证电单车以合规的姿势停放在停车点内。