本申请提出了针对生态基流监测的智能增强测流方法、系统及其应用，包括以下步骤：S00、同时接入ADCP和点流速计；S10、通过基于边界自动判定的双变量决策树算法模型对流场状态的识别，并对ADCP和点流速计进行自动切换；S20、对采集的数据进行异常值识别和处理，并直接向用户推送；其中，该基于边界自动判定的双变量决策树算法模型融合使用了阈值自动选择算法和双变量决策树构建。本申请可综合管理利用这些仪器设备，统一数据口径，加强数据处理能力，弥补单个设备测流能力的不足，扩大监测范围。